Desde 1804 y 1808 se sucedieron diversos enfrentamientos y guerras en Bilbao entre sectores sociales y políticos de Bilbao. Así por ejemplo, el cónsul británico en Bilbao distinguía, en 1826, 3 corrientes políticas: una liberal, otra realista o antiliberal y la fuerista. El 3 de octubre de 1833 los realistas antiliberales, favorables a la soberanía exclusiva del Rey, protagonizaron la rebelión carlista y proclamaron Rey a Carlos. El 20 de noviembre de 1833 el general Sarsfield, leal a la sucesora en el trono de España, Isabel II, entró en Bilbao al frente del ejército gubernamental liberal. Los carlistas sitiaron la villa desde el 10 de junio al 1 de julio de 1835 y desde el 23 de octubre al 24 de diciembre de 1836, pero fracasaron en sus intentos. La resistencia fue premiada con el título de "Invicta", un elemento significativo en la forja de la identidad política bilbaína. El Ayuntamiento de Bilbao y numerosos vecinos en 1839 solicitaron a las Cortes la conservación de las instituciones forales en el nuevo sistema liberal constitucional.
En 1841 las aduanas se trasladaron del interior (Orduña, Balmaseda) a la costa y Bilbao perdió su condición de puerto de libre comercio. La construcción de nuevos caminos, la llegada del ferrocarril a Bilbao en 1863, la fundación del Banco de Bilbao (1857) la creciente exportación de mineral de hierro, hacen de Bilbao un atractivo lugar para la construcción de renovados establecimientos industriales que contribuyen a su despegue económico.
