Este beaterio estaba situado junto a la iglesia de los Santos Juanes en Iberni-Atxuri. Debido a esta localización geográfica, las religiosas eran conocidas como las isabelinas de Zabalbide o de los Santos Juanes.

Se desconoce su origen, pero para comienzos del siglo XVI se sabe que existían, y, junto con las isabelinas de la Santa Cruz, lucharon contra la imposición de la clausura. Asimismo, el fin de la existencia de esta comunidad también es desconocido: mientras que ciertos autores opinan que, a comienzos del siglo XVII, se juntaron con las religiosas de la Santa Cruz, documentación del Archivo Foral de Bizkaia fechada a mediados del siglo XVIII hablan del convento de Santa Isabel de Bilbao, situado en la misma localización del beaterio, por lo que se entiende que no desapareció durante el siglo XVII. Pudiera ser que la comunidad se integrase en el convento de la Santa Cruz a partir de 1768, año en que la parroquia de los Santos Juanes se trasladó al antiguo Colegio de San Andrés, que era vecino al convento de la Santa Cruz.