Institución fundada por la Diputación para dar cobijo y asistencia médica a las parturientas sin recursos económicos o solteras o ambas cosas a la vez. Su paralelismo con la Casa de Expósitos hace difícil, a veces, deslindarlas. Aunque un cierto tipo de atención se inició con bastante anterioridad, puede datarse a fines del siglo XIX la creación de ambas instituciones en su forma moderna.

En el año 1889 la mortalidad materno-infantil en torno al parto era muy elevada. Una comisión médica formada por Carmelo Gil Gorroño, José Carrasco y Pedro Larrea propuso a la Diputación la construcción de una Maternidad; cosa que fue aceptada. El Ayuntamiento cedió un solar situado en Solokoetxe, junto a la Casa de Expósitos, y se encargó el proyecto al arquitecto provincial Luis Aladrén. Hasta diciembre de 1895 en que finalizaron las obras de construcción, se instaló una maternidad provisional en una casa situada en la Travesía de la Concepción.

Fue su primer director Ramón Muñoz, quien pronto fue relevado por Carmelo Gil Gorroño, el primer miembro de una familia de médicos que, a lo largo de cuatro generaciones ocupó la Dirección de la Maternidad. Bajo su dirección, pero sobre todo durante el periodo de dirección de su hijo, Carmelo Gil Ibargüengoitia, desde 1914 hasta 1929, la cirugía ginecológica de la Maternidad incorporó nuevas terapias, siendo pionera en España en la práctica de pubiotomías y cesáreas vaginales, así como en la incorporación de las transfusiones sanguíneas a la terapéutica habitual de la Maternidad. En aquellos años se fundieron en una sola institución la Casa de Expósitos y la Maternidad.

La Maternidad dio cobijo, según su reglamento, a tres grupos de mujeres embarazadas: las solteras, las primerizas bilbaínas enviadas por su médico, y las que careciendo de recursos económicos fueran vizcaínas o pudieran justificar su residencia con más de tres años en esta provincia. Durante sus primeros años el número de partos anuales no rebasaba el centenar, pero en los años veinte su número comenzó a crecer de forma alarmante, lo que obligó al Ayuntamiento a crear el Servicio Municipal de Toco-ginecología, para atender los partos a domicilio y descargar de trabajo a la maternidad. Aún así, el número de partos atendidos ascendió hasta los 700 al año en 1931-1935, con una mortalidad maternal que rondaba la quincena de fallecidas, siendo el número de niños fallecidos en torno al parto alrededor de cuarenta.

En 1934, la Maternidad realizó un curso de Clínica Obstétrica para médicos en un intento de establecer la docencia de esta materia en Vizcaya. Tres años más tarde, durante la fugaz existencia de la Universidad Vasca de 1937, se estableció en ella la asignatura de Obstetricia y Ginecología de la Facultad de Medicina. Varios años después de la guerra civil, la Maternidad creó una Escuela de Matronas que funcionó regularmente hasta 1980.

Los años de posguerra fueron muy difíciles por la carencia de medios. El Instituto de Maternologia y Puericultura, nuevo nombre adoptado tras la fusión de las dos instituciones, se vio desbordada por una gran afluencia de pacientes. Desde 1940 hasta 1976 continuó bajo la dirección de Guillermo Gil Turner, nieto de Gil Gorroño. En los años sesenta el número de partos atendidos anualmente rondaba los 1.500, con un importante descenso de la mortalidad de las madres, alrededor de 5 cada año, pero manteniendo tasas elevadas en niños.

En 1970 se alcanzó el mayor número de partos asistidos, 2.500, con la menor mortalidad infantil y maternal, 4 madres y 36 niños fallecidos o nacidos muertos. Justo cuando la creación de servicios de maternidad en los hospitales de Cruces y Basurto hizo innecesaria su continuidad, aunque su cierre definitivo no ocurrió hasta el año 1985, sus últimos años fueron de una actividad decreciente, bajo la dirección, primero de Roque Aranguren (1976-1980) y, después, del cuarto ginecólogo de la saga de los Gil, Guillermo Gil Lang, biznieto de Carmelo Gil Gorroño, que dirigió la institución desde 1981 hasta 1984.

Sus locales fueron aprovechados por el Servicio Vasco de Salud-Osakidetza. En 1993 el edificio de la antigua Maternidad pasó a ser el Centro de Salud Mental “Julián de Ajuriaguerra”.