En el siglo XV se construyó en Bilbao el Hospital de los Santos Juanes, en Atxuri. Fue en su pequeña iglesia del mismo nombre donde surgió, en 1553, la primera cofradía de la Villa: La Santa Vera Cruz, que pervive hoy en día. Su hábito se compone de túnica negra con cordón blanco y caperuza negra. A lo largo de los siglos ha ido reuniendo un gran patrimonio artístico entre el que destacan “El Santísimo Cristo de la Vera Cruz” –conocido como “El Cristo de la Villa”–, del escultor neoclásico Juan Pascual de Mena, y “Nuestra Señora de la Soledad” del artista barroco Raimundo Capuz.

En los siglos siguientes surgieron y desaparecieron diferentes hermandades. En los años 40 del siglo XX, tras la Guerra Civil, Bilbao vivió un boom penitencial y comenzaron a surgir nuevas congregaciones.

En 1941 se aprobó la cofradía de La Pasión, que en 1959 se fusionó con la de Las Palmas (constituida en 1946). Sus cofrades visten túnica negra con la cruz de Jerusalén bordada en rojo sobre el pecho. Entre su imaginario destaca “Los Azotes”, del escultor vizcaíno Ricardo Iñurria.

En 1943 se admitió la cofradía de Nuestra Señora de la Merced, con sede en el convento homónimo hasta que en 1970 se trasladó a San Nicolás de Bari. Fue la primera que introdujo la música en las procesiones y su hábito se compone de capa blanca y capirote azul celeste. La “Piedad” del citado Mena o “Jesús ante Anás” de José María Garrós, son algunas de sus esculturas.

Dentro de lo que se conoce como cofradías colegiales, es decir, nacidas en el seno de colegios bilbaínos, encontramos las siguientes: la cofradía de La Madre de Dios de las Escuelas Pías, fundada por los Padres Escolapios en 1944. Su vestimenta se compone de hábito en crema y capirote granate. Es reseñable la escultura cubista “Encuentro de Jesús y su Madre”, de Tomás Parés.

La cofradía de La Santa Eucaristía, conocida como la de los Jesuitas, fue fundada en 1959 en el Colegio de la orden en Indautxu. Su hábito es blanco y es propietaria, entre otros pasos, de “Nuestra Señora de la Amargura” de Jesús Iglesias Montero.

La cofradía de Nuestro Padre Jesús Nazareno, con su hábito morado, fue fundada en 1947 por un grupo de bilbaínos de la Quinta Parroquia bajo la advocación del Cristo de Medinaceli. En el mismo año nació la cofradía del Apóstol Santiago de la mano de la Asociación de ex-alumnos del Colegio de La Salle. Túnica gris perla y capirote azul componen su vestuario. Y también la cofradía de Nuestra Señora de Begoña. En los años setenta cesó su actividad, aunque en 1995 renació y en la actualidad realiza diferentes actividades a lo largo del año.

Por último, en 1982 la cofradía de Los Cruzados Eucarísticos –hasta entonces dependiente de La Vera Cruz– quedó constituida como cofradía de pleno derecho, con hábito blanco y dependiente del Colegio de Zabálburu, antiguo Colegio de las Madres Agustinas.

En 1988 se fundó la Hermandad de Cofradías Penitenciales de la Villa de Bilbao, encargada de la organización de la Semana Santa, y en 2001 se inauguró el Museo de Pasos de Bilbao, en donde se pueden admirar la mayoría de los pasos procesionales que poseen las cofradías bilbaínas.