Se trata de un convento femenino de la Orden de la Concepción, rama femenina de los franciscanos.

Esta comunidad tiene su origen en un beaterio. Se sabe que para mediados del siglo XV este beaterio ya existía, y era conocido con el nombre de San Mamés ya que en primer lugar, este beaterio estuvo situado junto a los frailes franciscanos de San Mamés. En el siglo XVI, la comunidad se trasladó, aunque se mantuvo dentro de la anteiglesia de Abando, situándose enfrente de la villa de Bilbao de aquella época.

En 1614, la comunidad abrazó la clausura y fue el primer convento vasco en abrazar la franciscana Orden de la Inmaculada Concepción, fundada en 1489 por Santa Beatriz de Silva, quien recibió ayuda personal de Isabel I la Católica.

Durante el siglo XIX, las religiosas sufrieron la ocupación de su convento tanto por los franceses como por los carlistas que le dieron usos diversos, como hospital o depósito. Aunque las religiosas volvieron al convento, en 1859 se llevó a cabo la expropiación de los terrenos para que se edificase la Estación del Ferrocarril Bilbao-Tudela, donde se encuentra la Estación del Norte. Las religiosas se situaron en la Travesía de La Concepción.

Durante la Tercera Guerra Carlista, el convento no fue requisado, pero sí sufrió los estragos de la Guerra Civil cuando el 20 de julio de 1936 se presentó una Compañía de Guardias de Asalto para registrarlo y el convento acabó quemado. La comunidad pudo salir del convento y tuvieron que alojarse en Bakio.

Tras la guerra, la comunidad volvió al convento, situado en pleno corazón del barrio de San Francisco. Es, precisamente, a este convento donde las novias llevan una docena de huevos para que el día de la boda haga buen tiempo.