Se trata de un convento femenino de la Orden de San Agustín.

En un comienzo fue un beaterio del que se desconoce el origen, aunque se sabe que para el siglo XVI ya existía. Las religiosas se negaron a abrazar la clausura, pero para el año 1623 tuvieron que aceptarla. Desde su fundación y hasta mediados del siglo XIX, estuvo situado en la calle Sendeja, junto al convento de La Esperanza, donde se encuentra la estación del metro del Casco Viejo, salida San Nicolás.

Los eventos bélicos que sufrió Bilbao afectaron a las religiosas agustinas: durante la ocupación francesa, tuvieron que compartir el claustro con enfermos, y durante la Primera Guerra Carlista fueron expulsadas ya que el convento fue destinado a hospital. Tras estos eventos y las políticas diversas de Madrid, las religiosas abandonaron su convento y, en 1860, se instalaron en la anteiglesia de Begoña, junto a la Basílica, y los túneles de Begoña.