La Facultad de Bellas Artes de Bilbao tiene sus orígenes en la antigua Escuela Superior de Bellas Artes de Bilbao, creada por decreto el 4 de diciembre de 1969 como un centro integrado a la Universidad Autónoma de Bilbao. Su puesta en marcha suplió el vacío docente que, en materia artística, existía en el País Vasco desde los años 50 y ofreció una salida al artista autodidacta y a la necesidad de los creadores de tener que salir de la región para recibir una educación estética de carácter académico y superior.

El centro comenzó su andadura el curso académico 1970/1971 con José Domingo Milicua como director y con 45 alumnos que fueron ubicados, de manera provisional, en la segunda planta del Euskal Museoa Bilbao Museo Vasco situado en la plaza Miguel de Unamuno. Para el siguiente curso emplazaron a los nuevos alumnos en el entonces Edificio de Bomberos de la calle Ibañez de Bilbao, posteriormente Palacio de Justicia. Los problemas de espacio se solucionaron el curso 1972/1973 cuando se trasladaron al campus de Sarriko, junto a la Facultad de Ciencias Económicas y Empresariales.  

A pesar de las dificultades de espacio, la adopción de planes de estudio obsoletos y las precarias condiciones de sus inicios, la Escuela Superior de Bellas Artes de Bilbao pasó, tras reiteradas reclamaciones, a ser Facultad de Bellas Artes en abril de 1978 y fue nombrado Pedro Guasch como primer decano. En un primer momento quedó adscrita a la Universidad de Bilbao y en 1980 a la recientemente creada Universidad del País Vasco - Euskal Herriko Unibertsitatea.

Ante la elevada demanda de los estudios de Bellas Artes y el aumento sistemático de alumnos, el problema del espacio fue esencial para el correcto funcionamiento de la Facultad. Desde el curso 1980/1981, parte de los alumnos acudían a diversas facultades del campus de Leioa a recibir sus clases. Fue en el curso 1987/1988 cuando se inauguró un edificio propio en el barrio Sarriena en el citado campus vizcaíno, realizado por el arquitecto Mariano Ortega Carnicero y que permitió desde entonces ofrecer la totalidad de las enseñanzas de manera conjunta en un mismo centro.

Tras los cambios producidos con la integración del Plan Bolonia a partir del curso 2009/2010, en la Facultad de Bellas Artes de Bilbao se pueden cursar los estudios de Grado en Arte, Grado en Creación y Diseño y Grado en Conservación y Restauración de bienes culturales; así como varios másteres oficiales y títulos propios. Las tres vertientes fundamentales que orientan las actividades de la Facultad de Bellas Artes son la docencia, la investigación y la acción cultural en el entorno.