Hijo de Gabriel María Ybarra y Gutiérrez de Cabiedes (1814-1890) y de María del Rosario Arambarri Mancebo (1814-1893), procedente de la isla caribeña de Saint Thomas, y nieto de José Antonio Ybarra de los Santos (1774-1849), patriarca y fundador de la familia Ybarra, y de Jerónima Genoveva Gutiérrez de Cabieces y de la Losa (1779-1837), natural de Potes (Cantabria).
Casó en 1873 con María Nicolasa de la Revilla Ingunza, hija de Gregorio María de la Revilla Olavarría, nacido en Bilbao en 1817 y alcalde de Bilbao (1891-1893), y María Eulalia Ingunza Libarona, nacida en Bilbao en 1822.
El matrimonio tuvo cuatro hijos: Fernando (I Marqués de Arriluce), Gabriel María, Emilio y Gregorio.
Con 22 años viajó por Inglaterra, Gales y Francia aprendiendo nuevos procedimientos y estableciendo contactos con fabricantes y posibles clientes para los minerales explotados por la familia Ybarra. Entró por lo tanto pronto en los negocios familiares y en ellos impulsó las actividades de sus empresas: "Ybarra Hermanos y Cía", "La Merced" de Guriezo, "Nuestra Señora del Carmen" de Barakaldo, luego convertida en "Altos Hornos de Bilbao" (de cuya comisión ejecutiva formó parte desde 1882), su participación en La Orconera (fundada en Londres en 1873 y de la que fue consejero) y la construcción de su ferrocarril minero, etc. Además de estas empresas familiares junto con su hermano José y con otros socios como Emiliano Amann puso en pie otros negocios propios en el ramo de los seguros marítimos.
En 1886 se le diagnosticó un cáncer de estómago por lo que abandonó muchas de sus actividades empresariales, pero se dedicó a la beneficencia. Creó el Patronato de Obreros de San Vicente de Paúl, en Bilbao, dirigido por los Hermanos de la Doctrina cristiana. Se preocupó sobre todo de la situación asistencial en la zona minera, en donde su familia tenía innumerables minas, estableciendo una sala cuna y un colegio para los hijos de los mineros (Asilo de San Fernando) en La Arboleda.
Fue vocal de la Casa de la Misericordia, en donde por su mediación comenzaron a trabajar las Hermanas de la Caridad, así como también en el Hospital Civil, la casa de expósitos de la Diputación, el asilo de La Arboleda y en las salas cuna de San Antonio de Urazurrutia y Santiago. Fue uno de los promotores del hospital minero de Triano y las escuelas de El Desierto de Barakaldo protegidas por "Ybarra y Compañía". Esta dedicación a la caridad la compartió con su hermana la Beata Rafaela Ybarra y con su hijo Gabriel Mª Ybarra.
Murió en Las Arenas (Bizkaia) el 22 de setiembre de 1888.
Eduardo J. Alonso Olea