Sus padres fueron el Teniente de fragata retirado de la Armada Francisco Antonio Zabálburu, natural de Gordexola (Bizkaia), y Segunda Basabe, de Lezama (Bizkaia). Era nieto, por línea paterna, de Domingo Zabálburu (Gordexola) y María Martínez de Lejarza, naturales de Gordexola y de Güeñes (Bizkaia), respectivamente, y vecinos de Gordexola, y por la materna de Narciso Ventura Basabe, de la anteiglesia de Deusto, y María Manuela Gordia, de Lezama.

Francisco Zabálburu Basabe casó en Madrid en 1877 con Mª del Pilar Mazarredo Tamarit, con la que tuvo sólo una hija, Carmen Zabálburu Mazarredo, que llegaría a ser Camarera Mayor de la Reina y Condesa de Heredia Spínola, por su matrimonio en 1900 con Alfonso Martos Arizcun, cuarto conde de Heredia Spínola.

Estudió Derecho en las Universidades de Madrid y la Sorbona. Familia dedicada a los negocios, los Zabálburu tenían intereses en diversas provincias españolas además de Bizkaia como Murcia o Almería, pero también en el extranjero: Francia, Bélgica, Alemania, Austria, Holanda o Inglaterra. Sus negocios abarcaban desde la minería, el comercio o, como gran propietario, los arrendamientos rústicos y urbanos.

En Bilbao, Francisco Zabalburu perteneció a la Junta de Agricultura, Industria y Comercio, fue accionista de la Compañía General Bilbaína de Crédito y del Banco de Bilbao y miembro de su primer Consejo de Administración. Colaboró como suscriptor del ferrocarril de Tudela-Bilbao y fue Presidente del ferrocarril de Gernika a Pedernales.  En el terreno político, fue regidor por la parcialidad gamboina en el bienio 1854-1856. Representó a Bizkaia en las Conferencias forales celebradas en Vitoria en 1867. El 26 de abril de 1876 fue comisionado en Corte (donde residía) por la Junta General para tratar con el Gobierno el cumplimiento de la que será la de 21 de julio de 1876. Fue representante de Murcia en el Congreso (1891)  y en el Senado  (1893) y Senador Vitalicio desde 1896.

En el aspecto cultural, los hermanos Zabálburu realizaron acciones de mecenazgo para promocionar artistas como Julián Gayarre. Colaboró también, cediendo terrenos, en la edificación de la Quinta Parroquia de Bilbao, donde fue enterrado.

Hablaba y escribía correctamente en francés y euskera. Publicó obras de historia, manifestando sus conocimientos en este campo y en el de la paleografía. Colaboró en 35 volúmenes de la Colección de Documentos Inéditos para la Historia de España, entre 1877 y 1892, y en la Nueva Colección de Documentos Inéditos para la Historia de España y de sus Indias. Madrid 1892-1894, 5 tomos.

Es en esta vertiente cultural por la que ahora es más conocido. Coleccionó, catalogó y preservó un gran fondo bibliográfico, fondo que sus descendientes han mantenido siguiendo sus directrices. Recopiló en su biblioteca más de 500 carpetas de documentos manuscritos de los siglos IX al XIX y 18.000 volúmenes impresos de los siglos XV al XIX. Entre sus fondos manuscritos, destacan originales inéditos de Juan de Echagoya, Simón de la Puente Ybarra o José Agustín Ibáñez de la Rentería.

Eduardo J. Alonso Olea