Las referencias documentales prueban la existencia en el siglo XVI de un pósito de granos situado en los bajos de la Casa Consistorial, situada junto a la iglesia de San Antón. El llamado Peso Público, destinado a los líquidos, se localizaba en el Portal de Zamudio, a la entrada de la calle Ronda. En el siglo XVIII, éste último se transformó en alhóndiga general. La razón fundamental de su existencia fue la imposición fiscal municipal en concepto de almacenaje y también de “sisas”, tributos establecidos sobre los productos alimenticios, sólidos y líquidos. Pero asimismo fue una institución decisiva al facilitar el abastecimiento de la población y proporcionar a los comerciantes un lugar de depósito, almacenamiento y conservación.

Para mediados del siglo XIX, a esta alhóndiga se habían sumado otros depósitos, sujetos a impuesto municipal y situados también en la calle Ronda. Con la incorporación de la nueva población de las anteiglesias de Abando y Begoña en 1870 y dada la reducida capacidad de los mencionados depósitos, se construyó en 1884-1885 la alhóndiga de Barroeta Aldamar, que pasó a ser la principal. Pero tampoco fue suficiente, debido al aumento de población y del tráfico comercial. Con el cambio de siglo, se vislumbran las deficiencias de las alhóndigas locales, en capacidad, condiciones e incluso localización (Barroeta Aldamar, Iturribide, Uribitarte, La Alberca, Fernández del Campo), y se opta por la compra de terrenos para la construcción de una nueva que permitiese centralizar los servicios y posibilitar ampliaciones futuras.

Tras un concurso declarado desierto, en el segundo, celebrado en 1900, el Ayuntamiento decide la compra de la manzana nº 80 del Ensanche, de 8.900 m2, a Federico Solaegui. No obstante, en 1904, dado que el problema seguía aún sin resolver, el concejal Pedro Bengoa, en nombre de la Comisión de Hacienda, presentaba un detallado informe de la situación y proponía la definitiva construcción de una alhóndiga. En sesión de 1 de julio el Ayuntamiento elevaba a acuerdo las conclusiones de dicho informe y en 1905 se encomendaba a Ricardo Bastida, arquitecto municipal, la redacción del proyecto, que presentaba tras visitar centros similares en Europa.

Tras la fase de obras, definitivamente la recepción de las mismas fue aprobada el 19 de noviembre de 1909. Ese mismo año se instalaban los 138 almacenistas de vinos a que alude el historiador M. Basas. Algunos de los principales ocupantes de la Alhóndiga Municipal hasta su clausura fueron miembros de la Asociación de Vinos al por mayor de Vizcaya, que inicialmente mostró su oposición al proyecto, en buena medida por su localización, alejada del puerto, centro de su actividad.

La Alhóndiga Municipal era clausurada de forma oficial el 4 de junio de 1977 y se inauguraba la nueva de Gaztelondo, en Rekalde. Concluía las funciones que venía realizando desde 1909 como lugar destinado al control y recaudación de impuestos municipales sobre los principales artículos de consumo. El acto venía a oficializar el final de la existencia jurídica e institucional de la misma, ya decretada como consecuencia de la Ley de reformas de las haciendas municipales de 24 de diciembre de 1962, una de cuyas directrices fundamentales era la supresión de la imposición municipal sobre el uso y consumo. Pervivieron ciertos arbitrios provinciales hasta su supresión en 1966, fecha a partir de la cual el Ayuntamiento comenzó a gestionar con los vinateros su traslado.

La fase previa al cierre estuvo marcada por la polémica, suscitada por el posible derribo o reconversión del edificio municipal para otros fines, los residenciales y comerciales, como había declarado la alcaldesa Pilar Careaga. El Colegio Oficial de Arquitectos Vasco-Navarro reaccionó, adoptando, entre otros acuerdos, el de incoar el oportuno expediente de Monumento Histórico Artístico (1975), cuya tramitación acordaba la Dirección General de Patrimonio Artístico Nacional en enero de 1976. Colegios Profesionales y Asociaciones vecinales y culturales llevaron a cabo acciones en defensa del edificio, constituyendo para ello el Comité de Defensa Pro-Alhóndiga (1976). El proceso culminaba con el Decreto 397/1998 de 22 de diciembre, que califica como Bien Cultural, con la categoría de Monumento, el edificio de la Alhóndiga Municipal de Bilbao.

Desde el cierre, el edificio permaneció en un largo impasse, no exento de proyectos y propuestas que abordaron su reconversión asumiendo nuevas usos y funciones, pero todos frustrados, entre ellos la creación de un centro cultural con una nueva imagen, el denominado “Cubo”, proyecto arquitectónico inicial de Jorge Oteiza, Javier Sáenz de Oiza y Daniel Fullaondo liderado por el alcalde José María Gorordo. Finalmente, en mayo de 2010 era inaugurado el centro de ocio y cultura Alhóndiga Bilbao, en el que ha intervenido el diseñador francés Philippe Starck.