Uno de los hospitales de la red creada por el Gobierno Vasco durante la guerra civil fue el de San Luis Gonzaga. Este hospital se situó en lo que entonces era la sede de la congregación marianistas de los Luises. Cedido por el Centro Católico de los Luises, disponía de salas para consulta médica, salas de observación y de radiografías, quirófano, y un total de 150 camas. Se encontraba en la calle de la Paz, hoy en día Padre Lojendio, en la zona de Abando. 

Fue utilizado como hospital entre septiembre de 1936 y junio de 1937. Estuvo dirigido por el doctor José María Gondra. Algunos de los médicos que impulsaron su creación eran miembros de “Solidaridad de Trabajadores Vascos”, y en este edificio nació “Euzko-Gexozain Bazpatza”. Esta asociación de enfermeras tuvo cedida una planta en el Hospital de San Luis hasta que fue trasladada tras la creación de la Jefatura se Sanidad Militar, que se hizo cargo de la red de hospitales, incluyendo este de San Luis. 

Además de J.M. Gondra en el puesto de director había más médicos; Valentín García de Cortazar, Nicolás Landa y José Ramón Sustatxa, a los que había que sumar a diez enfermeras y cuatro practicantes que trabajaron allí durante la guerra. 

Los pacientes más habituales fueron heridos de bala o metralla, tanto llegados del frente como civiles heridos en los bombardeos aéreos. Las enfermedades más frecuentes fueron infecciones respiratorias y diarreas. El hospital también realizó exámenes a personas que alegaban estar enfermas para no acudir al frente. El hospital fue clausurado a los pocos días de la llegada de las tropas franquistas a Bilbao.

Desde el año 2006 el edificio acoge la “Fundación Arrupe Etxea” de la congregación de los Jesuitas, habiendo sido antes sede de las congregaciones de Luises, Kostkas y Caballeros de San Ignacio.