En la época medieval el hospital era un centro de beneficencia, entre cuyas funciones figuraba, además de la cura y cuidado de quienes sufrían enfermedad, una multiplicidad de tareas: refugio de peregrinos, viajeros y mendigos, limosna para  los necesitados, crianza de niños huérfanos o expósitos, asilo de ancianos, sepultura  de los difuntos, etc. En la Alta Edad Media fueron fundaciones religiosas, pero a partir del siglo XII aparecieron en las ciudades europeas otros que fueron fundados y regidos por el gobierno municipal, como fue el caso de los bilbaínos. Los datos que tenemos sobre ellos indican que eran hospitales-asilo o albergues para peregrinos, en los que se ingresaba no por estar enfermo, sino por ser pobre o peregrino.

El hospital de Santo Domingo, el más antiguo, se encontraba junto a una ermita situada cerca del alto del mismo nombre, era un albergue de peregrinos que desapareció a mediados del siglo XV, aunque la ermita continuó hasta la Primera Guerra Carlista.

Hubo un pequeño hospital situado en un torreón junto al Portal de Zamudio, del que no conocemos su nombre, aunque Teófilo Guiard lo llama "La Magdalena". Probablemente sea el mismo que es citado sin nombre en un documento del Archivo Vaticano fechado el año 1442 (Innominado).

El hospital de San Lázaro estaba situado extramuros, junto a la iglesia de San Nicolás. Su nombre sugiere el de una leprosería, aunque solo está documentada su utilización como  lazareto durante algunas epidemias de peste y el resto de su historia estuvo destinado a albergue para pobres.

El Hospital de los Santos Juanes era un albergue de peregrinos situado extramuros, junto al portal de Ibeni (Atxuri). Fue el que tuvo más larga vida.

En un principio el Ayuntamiento designaba para su gobierno un Mayordomo o Manobrero, un cura rector con funciones religiosas y administrativas, y una comunidad de beguinas (beatas) para atender a las labores domésticas y de enfermería. A raíz del Concilio de Trento que obligaba a la clausura en los conventos de monjas, desaparecieron las beguinas y fueron sustituidas por una "Señora" nombrada también por el Ayuntamiento y varias criadas. La Ordenanza obligaba a que un regidor municipal realizara una visita semanal para observar si los pobres y enfermos eran atendidos debidamente, además de comprobar que se cumplían las normas de admisión y no se había permitido el ingreso en calidad de pobre de alguna persona que contara con recursos económicos, ni aquellas no avecindadas en la Villa si ello era en detrimento de los pobres bilbaínos. Carecían de asistencia médica continuada porque su finalidad no era la curación de enfermos sino dar albergue a pobres o peregrinos. Sin embargo, los médicos debían prestar asistencia gratuita a las personas ingresadas que enfermaran.

Eran sostenidos por las donaciones privadas y por el Municipio, que destinaba a ello parte de sus bienes propios y porcentajes de algunas multas. Durante el tercio final del siglo XVI y la primera mitad del XVII tuvieron serias dificultades económicas, a pesar de recibir varios legados importantes en los testamentos de algunos bilbaínos. Uno de estos, el otorgado por Pedro de Echavarria, permitió reformar los hospitales de la Villa.