El edificio sede de la Sociedad Bilbaína fue utilizado por el Gobierno Vasco durante la guerra civil. El inmueble está situado en un solar sito entre las calles Navarra, Bailén y José María Olávarri. Fue proyectado por el arquitecto Calixto Emiliano Amann Amann, y su estructura exterior recuerda a ciertos edificios vieneses de la época, siendo su interior, distribución y mobiliario de inspiración británica. Es un edificio con rotonda y cúpula en su esquina. El trazado es de líneas eclécticas, con una escalera interior en espiral, rematada por una claraboya superior, que se apoya sobre columnas. El edificio tiene planta baja y cuatro alturas.

Al inicio de la contienda se instaló allí, tras la incautación del edificio el 20 de julio de 1936, el Gobierno Civil (13 agosto-12 septiembre 1936). Después fue utilizado por la CNT (26 septiembre-octubre 1936); más tarde por la Consejería de Gobernación del primer Gobierno de Euzkadi (28 octubre 1936-17 junio 1937), y por último por FET y de las JONS (junio-julio 1937). La citada Consejería de Gobernación estaba dirigida por Telesforo Monzón, que residía allí habitualmente.

 Antes de ocupar las dependencias de la Sociedad Bilbaína, el Departamento de Gobernación se instaló provisionalmente en el palacio de la Diputación de Bizkaia y en el Banco del Comercio. El 15 de octubre de 1936 el gobernador civil José Echevarría Novoa comunicó a la Sociedad Bilbaína que su sede iba a ser ocupada por el Departamento de Gobernación. En el sótano del edificio se instaló un refugio antiaéreo.

Otros edificios emblemáticos de Bilbao fueron utilizados como sedes de diferentes ramas del Gobierno Vasco durante la guerra. Fueron el Villa Mena, sede del Banco de Comercio, el Palacio Ibaigane, el Palacio Escauriaza, la sede de la naviera Sota-Aznar, la Equitativa, el Hotel Carlton, el edificio Chávarri, y el Chalet Estraunza.

Durante la guerra se dieron dos hechos reseñables en la sede de la Sociedad Bilbaína. Por una parte, hubo robos, saqueos y desperfectos que se atribuyeron a Guardias de Asalto que tomaron por primera vez el edificio, a los anarquistas y a la actuación de las tropas franquistas cuando entraron en la ciudad. Por otro lado, Tomás Bilbao, director general de Obras Públicas del Gobierno Vasco, se encargó de cegar las entradas a la biblioteca de 30.000 volúmenes que había en la sede. Este hecho, que en su momento pasó desapercibido, salvó íntegramente dicho espacio y su valiosa biblioteca.

El 17 de junio de 1937 el edificio fue desalojado y el departamento trasladado, dejando solo algunas fuerzas que lo custodiaron hasta la llegada del ejército franquista.

Tras la contienda, el 14 de octubre de 1939, se inauguró una gran lápida de bronce en memoria de los caídos por el bando vencedor que habían sido miembros de la Sociedad Bilbaína. La placa hacía referencia tanto a los que murieron en el frente (combatientes) como en la retaguardia (inmolados). Estos últimos fueron asesinados en su mayoría en las cárceles y barcos prisión de Bilbao durante la jornada del 4 de enero de 1937. En 2003 se colocó al lado otra placa en honor de todos los caídos.  Ambas están hoy día en el primer piso.