Tras el nacimiento del PCE-EPK en 1935, surgió en el País Vasco el Frente Popular aglutinando a socialistas, republicanos, nacionalistas de izquierda y comunistas. Se trató de una alianza defensiva frente a un enemigo común: el fascismo.

El Frente Popular de Euskadi fue a las elecciones de 1936 con tres exigencias claras: en primer lugar, la amnistía para los presos de la insurrección de 1934; en segundo término, el Estatuto de Autonomía que había sido bloqueado en el Parlamento por la derecha; y por último, la derogación de la Ley de Arrendamientos Rústicos que había perjudicado gravemente al pequeño campesinado vasco.

El primer diputado en el Parlamento fue Leandro Carro, elegido en el distrito de Bizkaia capital. Aunque esta experiencia parlamentaria fue muy breve debido al levantamiento militar franquista. En el País Vasco, solamente Bizkaia y Gipuzkoa derrotaron el intento de insurrección, y gracias al PNV se creó una amplísima unidad de fuerzas democráticas vascas cuyo fin no era otro que la defensa de Euskadi, de su autonomía y de la legalidad democrática de la República.

Tras un largo proceso, el 6 de octubre de 1936 se aprobó el Estatuto Vasco. Al día siguiente se formó el Gobierno Vasco bajo la presidencia de José Antonio Aguirre y con la presencia de Juan Astigarrabia ocupando la cartera de Obras Públicas.

No obstante, con la caída de Bilbao en junio de 1937, el Gobierno Vasco con el PNV al frente huyó y rindió el Frente Norte en Santoña. El PCE-EPK continuó apoyando la lucha en el resto del territorio republicano con importantes bajas como Aurelio Aranaga, Dorronsoro, Saturnino López, Jesús Larrañaga “Goierri”, Isidoro Diéguez o Imanol Asarta. Fue el comunista navarro Jesús Monzón el reorganizador de la resistencia en el frente vasco-navarro con la creación de las guerrillas en los Pirineos Orientales.

A pesar de todo, en marzo de 1939 los últimos bastiones republicanos cayeron poniendo fin a la guerra e iniciándose un periodo de dictadura fascista.