Las fuerzas políticas y sindicales vascas en el exilio firmaron en marzo de 1945 el Pacto de Bayona, por la lucha contra el gobierno de Franco, la Falange y cualquier régimen dictatorial, antidemocrático y monárquico.

Al año siguiente Leandro Carro entró a formar parte de aquel Gobierno Vasco en el exilio y en noviembre de 1946, un PCE-EPK recompuesto celebró en Bayona una conferencia para reafirmar su lucha contra el fascismo.

El 1º de mayo de 1947 fue convocada en Bizkaia una huelga general que se convirtió en la primera gran acción de masas del proletariado durante el franquismo, con la participación de más de 50.000 trabajadores. Una acción que provocó la expulsión del PCE-EPK del Gobierno Vasco en 1948 por incompatibilidades en aquel clima anticomunista internacional en el marco de la Guerra Fría.

A pesar de todo, el Partido Comunista seguía siendo en España casi la única fuerza organizada opositora a la dictadura. También aparecieron, en estos años de lucha obrera, las primeras Comisiones Obreras de Euskadi como consecuencia de la organización de los trabajadores en los centros de trabajo. Así como diferentes órganos provinciales como Aurrera en Bizkaia. Del mismo modo, Euskadi Roja –que seguía siendo el órgano oficial del PCE-EPK– dio paso a Euskadi Obrera, bajo la dirección de Francisco Zalacaín, uno de los cuadros culturales más valiosos del PCE-EPK. También fue impulsor de Arragoa, revista política, teórica y cultural a la que sustituyó Hemen eta Orain, actual publicación política y teórica del PCE-EPK.

Continuando con los años cincuenta, en 1956, el conjunto de comunistas españoles –en la línea de reformas impulsadas por el XX Congreso del PCUS– planteó una política de reconciliación nacional. Era necesario unir en la lucha a todas las fuerzas perjudicadas por la dictadura.

Al mismo tiempo fueron años de escisiones y oposiciones a los criterios de la dirección del partido, con una importante pérdida de militantes como consecuencia del rechazo a la intervención en Checoslovaquia por parte de las tropas del Pacto de Varsovia (1968). A nivel estatal, la cara visible de esta crisis fue Enrique Líster que se escindió y fundó el PCOE.

En la década de los setenta, con el Proceso de Burgos (1970) como telón de fondo, el PCE/EPK hizo un llamamiento para unir esfuerzos en Euskadi, y exmiembros de ETA como Roberto Lertxundi, Antxon Abad, José María Garmendia o Javier Ardanza, se afiliaron al partido.

Comenzó a prepararse el II Congreso que se celebró en la clandestinidad en agosto de 1974 en el norte de Francia. Aunque el nuevo Comité Ejecutivo fue mantenido en el anonimato, se eligió a Ramón Ormazabal como secretario general del PCE/EPK. Allí se puso en marcha un importante discurso de reconstrucción nacional vasca. El PCE/EPK iría saliendo a la superficie pública de manera lenta durante la transición.