Los antecedentes del Plan Integral de Saneamiento de la Comarca del Gran Bilbao se remontan a 1974, año en el que el Consorcio de Aguas decidió abordar la elaboración de un Plan Director ante el alto grado de contaminación de la práctica totalidad de los ríos, del estuario y litoral próximo, como consecuencia del vertido indiscriminado de aguas residuales urbanas e industriales.

Siguiendo las directrices del citado Plan Director en 1979 se dio comienzo a la redacción de los proyectos constructivos de las obras de infraestructura, interceptores y plantas de tratamiento que conseguirán que el agua de los cauces y la ría del Nervión alcance finalmente una concentración mínima del 60% del oxígeno disuelto sobre el valor de saturación. Con ello se conseguirá la presencia de vida acuática en todo el sistema fluvial.

Las obras se iniciaron en 1984, teniendo planificada la construcción de cinco plantas depuradoras y 170 kilómetros de interceptores.

Este Plan sirve a 25 municipios y abarca una superficie de 376 kilómetros cuadrados. De ellos, cerca de 70 kilómetros cuadrados corresponden a zonas urbanizadas residenciales e industriales.

Este sistema está planificado para dar servicio a una población cercana al millón de habitantes (80% de la población de Bizkaia y 44% de la Comunidad Autónoma Vasca).

Tras 25 años desde su puesta en marcha del Plan se realizó una profunda revisión de los objetivos iniciales y del esquema de solución. El 90% de las aguas residuales de la cuenca vertiente al estuario están recogidas y depuradas en una sola EDAR (o en una pareja Galindo-Lamiako) y vertidas en la ría. El 10% restante está repartido en otras siete u ocho depuradoras, ubicadas en los tramos medios y altos de los ríos tributarios.

Después de analizar las previsiones iniciales  y los objetivos conseguidos, se propone trasladar el punto de vertido, inicialmente ubicado en el interior del estuario, a 3 kilómetros de la costa y a 40 metros de profundidad mar adentro.