Durante la guerra civil española los puentes de Bilbao fueron destruidos a fin de retrasar, en la medida de lo posible, la entrada de las tropas franquistas a la ciudad. Entre julio de 1936 y junio de 1937 Bilbao estuvo inmersa en el conflicto bélico, sufriendo la villa daños muy importantes a consecuencia de los bombardeos aéreos de la aviación franquista, apoyada por sus aliados italianos y alemanes.

La guerra civil llegó a su fin en Bilbao con la entrada de los franquistas, el 19 de junio de 1937. En los últimos días del conflicto, cuando ya se preveía la inminente derrota, la mayor parte de los miembros del Gobierno Vasco, con el lehendakari José Antonio Aguirre a la cabeza, abandonaron Bilbao. En la ciudad quedó como autoridad la Junta de Defensa de Bilbao, cuyo mando estaba en manos del que fuera Consejero de Justicia y Cultura, Jesús María Leizaola.

Fue el propio Leizaola el que, ante la seguridad de la derrota, decidió que Bilbao se rindiera de forma civilizada. Ordenó, eso sí, que fueran destruidos los puentes de la ciudad para dificultar al menos la entrada de los franquistas a la misma. También se decidió sabotear las fábricas de material bélico. La voladura de los puentes se llevó a cabo, pero no así el mencionado sabotaje, por lo que el tejido industrial de la zona cayó en manos franquistas estando en buen estado.

Según el testimonio del periodista británico George Steer, en las últimas horas del Bilbao republicano, se dedicaron más esfuerzos a proteger la ciudad del saquero y la política de tierra quemada que a defenderse de los franquistas.

Finalmente, en la madrugada del 18 al 19 de junio de 1937, los puentes de Bilbao fueron destruidos por la 1º División Vasca, cuyo comandante era el francés Joseph Putz, que había llegado a España con las Brigadas Internacionales para unirse a la lucha en favor de la República.

De esta manera, los puentes de la ciudad fueron destruidos, obligando a las autoridades franquistas a reconstruirlos con la mayor velocidad posible. El nuevo gobierno municipal, con el alcalde José María Areilza al frente, utilizó la necesaria reconstrucción de los puentes como método de propaganda, para lo que cambió el nombre de todos ellos a excepción del Puente de San Anton. El resto de puentes pasó a llamarse con los nombres de importantes franquistas o bien con nomenclaturas que hicieran referencia a la guerra y a la derrota republicana en la mismas. Así, los nuevos puentes de Bilbao se denominaron Puente Coronel Ortiz de Zárate (antes puente de la Ribera); Puente de la Victoria (antes Isabel II); Puente del General Mola (antes de Begoña o del Ayuntamiento); Puente del Generalísimo Franco (antes Deusto); y Puente del General Sanjurjo (antes de la Merced).