La devoción de los bilbaínos a la Virgen de Begoña no solo la muestran los largos inventarios de donaciones desde el siglo XVII, hay que destacar también las procesiones y romerías con la Virgen a hombros con el fin de pedir ayuda a la patrona o agradecer sus milagros. A lo largo de los siglos XVII, XVIII y XIX destacan momentos como el aguaducho de 1651 en que la Virgen fue bajada al antiguo Convento de la Santa Cruz –y el nivel de las aguas descendió– o la procesión de 1854 para rogar que pusiera fin a la devastadora epidemia de cólera y esta cesó. En 1903, con la declaración de la Virgen de Begoña como patrona de Bizkaia, se comenzó a festejar también su día, el 11 de octubre, con subidas a Begoña en romería.

En 1996, la Cofradía de Nuestra Señora de Begoña tras retomar su actividad –suspendida durante años–, resucitó la Romería del 11 de octubre. El primer año el programa apenas contó con txistularis y dantzaris, pero desde entonces la fiesta ha ido ganando importancia. Su amplia programación comienza la tarde del día 10 con la Procesión de las Antorchas –una antigua tradición recuperada– desde la Catedral de Santiago a la Basílica de Begoña. El día 11 se celebra la romería popular que reúne cada año a 100.000 personas y en la que los niños juegan un papel especial. Ya en los años cincuenta su presencia era premiada con pan y una onza de chocolate, y en la actualidad se les recompensa con chocolatinas. Finalmente, tras la santa misa, la fiesta concluye con la traca de honor en honor a la Amatxo.

El mismo día se celebra la Fiesta de los Txikiteros, que hacen su particular ofrenda floral a la Virgen en la hornacina que se encuentra en el Palacio Yohn del Casco Viejo.