La Universidad del País Vasco se creó el 25 de febrero de 1980. Ese día, una orden ministerial autorizó a la Universidad Autónoma de Bilbao a cambiar oficialmente su nombre por el de Universidad del País Vasco/Euskal Herriko Unibertsitatea (UPV/EHU), aunque en la práctica esta denominación ya era utilizada anteriormente. De este modo, tras la efímera experiencia de la Universidad Vasca de la Guerra Civil, Euskadi contaba por fin con una universidad pública cuyo distrito abarcaba los tres territorios vascos.

Los primeros Estatutos de la UPV/EHU, aprobados en 1985, la definían como una entidad que prestaba el servicio público de la enseñanza superior en la Comunidad Autónoma del País Vasco, por medio de la docencia, el estudio y la investigación, y que atendía especialmente a la promoción de la cultura y la lengua vascas. La UPV/EHU se creó como una Universidad descentralizada, integrada por tres campus, uno por cada territorio histórico. Dado el origen de la Universidad y las diferencias demográficas entre los territorios vascos, el campus de Bizkaia siempre ha sido el más importante. El Rectorado y los servicios centrales se concentran en Leioa, aunque existe un Vicerrectorado y una Junta de campus en cada territorio histórico, incluida Bizkaia.

En 1980 se integraron en la UPV/EHU los centros existentes en ese momento en la Comunidad Autónoma. En Bizkaia había cinco facultades o escuelas superiores (Económicas, Medicina, Ciencias, Ingeniería y Bellas Artes) y cuatro escuelas universitarias (Enfermería, Profesorado de EGB, Empresariales e Ingeniería Técnica). En los años siguientes se crearon nuevos centros o se adscribieron algunos preexistentes, como la Escuela de Náutica. En 2015 la UPV/EHU cuenta con trece centros en Bizkaia: cinco facultades (Bellas Artes, Ciencias Económicas y Empresariales, Ciencias Sociales y de la Comunicación, Medicina y Odontología, y Ciencia y Tecnología); dos escuelas superiores (Ingeniería, y Náutica y Máquinas Navales); y seis escuelas universitarias (Enfermería, Magisterio, Estudios Empresariales, Ingeniería Técnica Industrial, Ingeniería Técnica de Minas y de Obras Públicas, y Relaciones Laborales). Existe además una Unidad Delegada de la Facultad de Derecho. La mayor parte de estos centros se concentran en los campus de Leioa y Basurto-San Mamés, salvo los situados en otras áreas de Bilbao (Sarriko y Elcano) y en Portugalete.

En conjunto, la UPV/EHU tenía en el momento de su creación 24.751 estudiantes. Creció a un ritmo acelerado en los años posteriores, hasta alcanzar su máximo histórico en 1997-1998, con 61.875 matriculados en los dos primeros ciclos. Después comenzó un descenso continuado, común a todas las universidades españolas. En 2013-2014 había 40.657 estudiantes de Licenciatura y Grado, atendidos por 5.049 profesores e investigadores contratados y 1.892 personas de administración y servicios.

Al recoger la herencia de la Universidad de Bilbao, el campus de Bizkaia de la UPV/EHU tuvo en sus orígenes un doble emplazamiento, en Bilbao y Leioa. Aquí se encontraban desde el principio Ciencias, Medicina, el Rectorado, la Biblioteca Central, el Aula Magna y otros servicios. Poco a poco se añadieron edificios para Ciencias de la Información, Bellas Artes, Relaciones Laborales, un aulario, un polideportivo cubierto, etc. Pese a todo, el campus de Leioa se deterioró con el paso del tiempo, por lo que desde 2000 se ha remodelado casi por completo: se ha reordenado el tráfico; se han abierto aparcamientos; se han eliminado las primitivas estructuras de hormigón sobre las que se levantaban varias edificaciones, que han rehecho casi por completo su interior; y se han construido nuevos edificios, como Magisterio (trasladada a Leioa en 2011) u otros dedicados a la investigación y a la acogida de empresas.

Otros centros que ya estaban en diversas zonas de Bilbao han permanecido en su ubicación original o se han concentrado dentro del término municipal: Económicas y Empresariales continúan en Sarriko y Elcano, mientras las diversas Ingenierías se han concentrado en la zona de Basurto-San Mamés. Además, en Portugalete se encuentra la Escuela de Náutica. En 1996 hubo un proyecto para trasladar el Rectorado al centro de Bilbao, que no salió adelante. Sin embargo, en 2011 se inauguró el Paraninfo Bizkaia Aretoa, un edificio representativo de la UPV/EHU en Abandoibarra, que alberga salas de exposiciones, auditorios, etc. Este acercamiento de la UPV/EHU al centro de Bilbao se ha concretado también en la puesta en marcha en 1999 de las Aulas de la Experiencia, dirigidas a personas mayores de 55 años. Con sede en el Casco Viejo, estos cursos han tenido una gran aceptación.