Las Juntas Generales de Bizkaia celebradas en julio de 1804 aprobaron un plan para modificar la organización militar del Señorío propuesto por Simón Bernardo de Zamacola, líder bizkaino que muy posiblemente tomó está iniciativa para obtener el favor de la corona en la pugna que su bando, mayoritario en Bizkaia, mantenía contra Bilbao. Una pugna en la que las instituciones generales bizkainas propusieron la creación de un puerto que, bajo su control directo, rivalizara con el de Bilbao. La aprobación o anulación de este proyecto de puerto en la anteiglesia de Abando, en la orilla de enfrente del Bilbao histórico y que hoy irónicamente constituye el centro del actual Bilbao, fue solicitada por ambos bandos al gobierno de la monarquía haciendo todo tipo de ofrecimientos, como el de titularle “Puerto de la Paz”, en honor del valido Manuel Godoy, y este último de cambiar el sistema militar foral tradicional.

Al irse conociendo en las diferentes localidades bizkainas lo aprobado en las Juntas Generales se fue extendiendo un gran descontento popular, entendiéndose que los bizkainos jóvenes iban a ser por primera vez uniformados y obligados a marchar fuera de Bizkaia para servir en el ejército del rey. Eliminándose el sistema tradicional foral por el que los bizkainos formaban milicias locales con sus propios mandos para defender exclusivamente su propio territorio en la ocasión en que este fuera invadido.

Los primeros incidentes se dieron el jueves 16 de agosto en las anteiglesias de Begoña y Abando. Desde estas y otras localidades se enviaron comisiones a Bilbao, donde residían los miembros de la Diputación de Bizkaia, para obtener de ellos el texto del nuevo plan militar. Conocido el plan se exigió a los diputados generales y al corregidor que se declararan en su contra y convocaran unas nuevas Juntas Generales para anularlo, lo que estos hicieron.

El día 18, tras celebrarse en Abando otra asamblea se desautorizó a sus apoderados por haber aprobado el nuevo plan militar. Los abandotarras armados se dirigieron a Bilbao donde apresaron a los miembros de la Diputación llevándoles a su anteiglesia para comparecer ante su asamblea, tratándoles de “ladrones” y “traidores a la patria”. Los dos diputados generales, José Agustín Ibáñez de la Rentería y Pedro Jiménez Bretón, el corregidor Luis Marcelino Pereyra y los secretarios del Señorío, junto al diputado general del bienio anterior Pedro Francisco de Abendaño, acabaron apresados en la casa consistorial de Abando. Fueron liberados gracias a la acción decidida del exsecretario de Estado Mariano Luis de Urquijo y el almirante José de Mazarrado, que acompañados de otros próceres bilbaínos como José María de Murga, con la condición de que quedaran bajo su custodia personal.

Las Juntas Generales se celebraron en Gernika entre el 22 y el 30 de agosto. En ellas se rechazó el plan militar y se eligió una nueva diputación, respetándose escrupulosamente lo dispuesto por el ordenamiento foral bizkaino en todo el proceso. No lo entendió así el gobierno de la monarquía, cuyas tropas, en torno a 4.000 soldados, ocuparon el Señorío, entrando en Bilbao el 21 de septiembre.

Con las tropas llegó un juez comisionado, Francisco Javier Durán, que dirigió una proclama a los bizkainos prometiendo el respeto de los Fueros y el sistema militar tradicional,. destituyó a las autoridades elegidas en agosto y repuso a las anteriores. El 23 de mayo de 1805 dictó una sentencia por la que condenó a 367 hombres y 17 mujeres a multas de hasta 6.000 ducados, penas de destierro, prisión de hasta 8 años e, irónicamente, servicio en el ejército real. Las localidades en las que fue más destacada la protesta fueron condenadas a multas y a sufragar los gastos de las tropas de ocupación, que permanecerían en Bizkaia hasta marzo de 1807. Esto que supondría a la corona unos ingresos de 11 millones de reales, junto a otro millón proveniente de multas a 65 bizkainos.

Además de todo esto la monarquía aprovechó la ocupación militar de Bizkaia y la sentencia para modificar la estructura política del Señorío a su antojo. Entre otros cambios, eliminó la figura clave del Corregidor como representante del monarca y la sustituyó por un “comandante general de Bizkaia y gobernador militar y político de Bilbao. Tras la Guerra de la Independencia la restauración absolutista conllevaría también la de las instituciones del ordenamiento foral bizkaino anteriores a la Zamakolada, pero había quedado manifiesta así, al comenzar el siglo XIX, la posibilidad de vulnerar el Fuero de Bizkaia y los de los restantes territorios vascos vinculados a la monarquía castellana mediante una ocupación e imposición militar.