Se trata de un convento femenino de la Orden de la Merced.

En 1514 se fundó un beaterio de la Orden de la Merced en unas casas de Somera. En 1567, la comunidad se trasladó a la otra orilla de la ría, a la Naja, donde el 19 de marzo de 1621, el día de San José, patrón de la Orden, las beatas abrazaron la clausura dando comienzo a la vida conventual.

A pesar de los distintos conflictos bélicos sufridos en Bilbao, las religiosas habitaron en su convento hasta 1969, cuando se trasladaron a Loiu.

En el año 1922, las religiosas fundaron un colegio para niñas, actividad que han seguido realizando en su nuevo emplazamiento.

Por su parte, la antigua iglesia del convento de La Merced se conserva y alberga el Bilbo Rock, mientras que el resto del edificio desapareció y se construyeron viviendas.