Se trata de un colegio dirigido por los jesuitas.

En 1604 falleció en Alcalá de Henares, el bilbaíno Domingo de Gorgolla y Gatafurda, que había ejercido de mayordomo del Arzobispo de Toledo, el cardenal Gaspar de Quiroga. En su testamento, otorgado en 1602, legó todos sus bienes para Obras Pías en Bilbao, fundando así un colegio de la Compañía de Jesús.

Fue un centro de educación con un gran prestigio entre las familias bilbaínas. En 1767, Carlos III mandó la expulsión de los jesuitas en España acusándoles de haber sido los instigadores del Motín de Esquilache que sucedió en 1766 en Madrid.

La parroquia de los Santos Juanes estaba situada en Ibeni – Atxuri, y estaba en un estado lamentable. Por eso, en 1769, la parroquia fue traslada a la iglesia del colegio de San Andrés. Por su parte, el claustro del colegio es parte del Museo de Arte Vasco.