La Comisión Gestora para el Desarrollo Urbanístico de Zorrotzaurre se creó en 2001 y está integrada por entidades públicas (Consejería de Empleo y Políticas Sociales  del Gobierno Vasco, empresa pública Visesa, Ayuntamiento de Bilbao y Autoridad Portuaria de Bilbao); y entidades privadas (Sociedad Promotora Inmobiliaria Margen Derecha S.A. y Vicinay Cadenas S.A.). Entre ellas abarcan el 65% de la propiedad del suelo, siendo el 35% restante de propietarios privados. Está integrada por un Presidente que es el Alcalde de Bilbao, dos Vicepresidentes, Consejeros Vocales, Secretario y Gerente (cargo que ocupa Pablo Otaola, ingeniero de caminos, canales y puertos) yun equipo técnico.

 El Proyecto de Regeneración Urbanística de Zorrotzaurre supone la última gran operación de regeneración urbana de Bilbao. Desde los años setenta del s. XX  es una zona en claro declive industrial, con talleres, viviendas,  una iglesia y escasa población. Gozó del máximo esplendor industrial tras la apertura parcial del Canal de Deusto en los años cincuenta del s. XX, que generó actividades industriales y portuarias a ambos lados del propio Canal y en la Ribera de Deusto.

 El Plan General de Ordenación Urbana de Bilbao aprobado en 1995 estableció un nuevo uso residencial para el área urbana de Zorrotzaurre, planteando definir con detalle su trazado urbano y arquitectónico en la posterior redacción de un Plan Especial. Ese cambio de uso va a marcar su devenir.

 El interés por buscar posibles soluciones urbanísticas se puede remontar a 1994, año en el que se convocó el concurso Premio Thyssen de Arquitectura, colaborando la Fundación BBV en una publicación que recogió los proyectos premiados.

 El hito principal para el desarrollo urbanístico de Zorrotzaurre puede fijarse en 2004 con la redacción del Master Plan por parte de la arquitecta anglo-iraquí ZahaHadid. Posteriormente fue revisado en 2007 marcando de manera definitiva la apertura del Canal de Deusto, y convirtiendo con ello la península existente en una isla.

 En este singular ámbito urbano se plantea un proyecto integral y equilibrado en términos de sostenibilidad, con la recuperación de un espacio degradado para convertirlo en un nuevo barrio de Bilbao, bien conectado con el centro y el resto de la ciudad, mediante el transporte público y los paseos peatonales por el borde de la Ría. Viviendas accesibles, áreas empresariales no contaminantes, equipamientos sociales y culturales, zonas públicas para el disfrute de los ciudadanos, son algunas de las principales propuestas.

 Durante el período comprendido entre 2008 y 2013 se fueron desarrollando los sucesivos proyectos urbanísticos, con la aprobación del Plan Especial en 2012, definiendo dos áreas. También se va acometiendo la rehabilitación de los edificios de viviendas existentes en la Ribera de Deusto por parte de Surbisa.

 La apertura del Canal de Deusto a partir de finales de 2014 lleva unida de manera simultánea la construcción del primer puente dedicado a Frank Gehry, arquitecto del Museo Guggenheim, para unir la isla resultante con Botica Vieja.También están previstos puentes a la altura de San Ignacio y de Zorrotza. En ese ámbito se integran los edificios de la Sede de IDOM y la Clínica IMQ.