El proceso de depuración del Ayuntamiento de Bilbao, la institución con más empleados de Bizkaia a excepción del Estado, afectó por lo menos a 1.914 trabajadores, de los que 67 eran eventuales y el resto funcionarios. El proceso comenzó dos días después de la conquista de la villa, el 21 de junio de 1937, con la destitución general de todos sus empleados y empleadas y con el nombramiento de la comisión depuradora, compuesta por los concejales de la institución, bajo las órdenes del alcalde José María de Areilza.

A pesar de esta separación, todo el personal que quisiera seguir trabajando como funcionario debía cumplir dos requisitos: acudir a su puesto laboral a pesar de encontrarse en calidad de destituido sin el derecho a percibir sus haberes y solicitar su reingreso por escrito.

Tras la solicitud de reingreso, el Ayuntamiento elaboró un cuestionario que fue repartido a todos aquellos que habían solicitado el reingreso para que éstos informasen sobre su actividad socio-política. El proceso depurador orquestado por el Ayuntamiento no hubiera sido posible de llevar a cabo sin la colaboración de empleados derechistas, tradicionalistas y monárquicos que informaron a los distintos jueces instructores sobre la militancia político-sindical de sus compañeros, así como de su ideología política y la labor desarrollada durante la guerra. La participación de instituciones ajenas al Ayuntamiento, como FET y de las JONS o la Guardia Civil, fue prácticamente nula ya que la información proporcionada por éstas se demoraba en el tiempo, y la corporación municipal decidió realizar el proceso de depuración con rapidez.

Los empleados depurados fueron citados ante un juez instructor que procedió a interrogarlos y a comunicarles las acusaciones de las que habían sido objeto. Los pliegos de cargos presentados por los jueces tras estos interrogatorios no fueron individualizados, sino genéricos, por lo que la amplia mayoría de empleados fueron acusados de uno o varios cargos. Los empleados acusados dispusieron de varios días para realizar un pliego de descargos, pero estas alegaciones en muy pocas ocasiones fueron aceptadas por los jueces instructores, que procedieron a elevar su veredicto a la Comisión Depuradora, para que fuese ratificado por ésta y posteriormente por el alcalde.

El proceso depurador finalizó oficialmente en enero de 1938, pero la mayoría de los expedientes fueron resueltos para octubre de 1937, por lo que el proceso se desarrolló con rapidez en comparación con el llevado a cabo en otras instituciones que tenían proporcionalmente menos empleados.

El 58,52% de los 1.914 trabajadores, 1.120 de ellos, fueron destituidos como consecuencia de la depuración y la disolución de la Banda Municipal, decisión adoptada al haber abandonado la mayoría de sus miembros la villa. El 16,72% de la plantilla fue repuesta con una sanción económica que consistía en la suspensión de varios meses de haberes o la rebaja de su sueldo. Por tanto, el 75,45% de la plantilla municipal de Bilbao fue destituida, sancionada o jubilada como castigo a consecuencia de la depuración, por lo que la represión administrativa afectó a 1.444 empleados. El 21,89% de los empleados fue repuesto en el Ayuntamiento sin ningún tipo de sanción, mientras que otro 0,94% de la plantilla fue jubilada. Estos datos demuestran que la depuración destruyó de una forma organizada y sistemática el pluralismo político existente entre la plantilla municipal destituyendo o sancionando a la mayoría del personal.

El personal del Matadero Municipal fue el cuerpo más afectado por las destituciones, al ser separado el 72,46% de su personal. A éste le siguió el personal de Limpieza Pública con el 70,09%, el personal de Arbitrios con el 67,39%, el del Cuerpo de Bomberos con el 63,64% y la Guardia Municipal con el 61,39% de sus miembros destituidos.

El cuerpo en el que menos empleados fueron repuestos sin ningún tipo de sanción fue el de Bomberos, con el 4,04%, seguido del personal del Matadero, con el 5,80% y el personal del Servicio de Aguas, por lo que en estos cuerpos las sanciones también fueron muy numerosas. Los cuerpos con más personal repuesto sin ningún tipo de sanción fueron el de Cementerios con el 50%, el de Salubridad con el 43,86%, el de Veterinarios con el 41,67%, el Cuerpo Médico Municipal con el 37,84% y el de Instrucción Pública con el 35,14% de su personal repuesto.

Además de la represión administrativa, la represión física a través de la justicia militar también afectó a cientos de empleados municipales, siendo nueve de ellos fusilados a consecuencia de un consejo de guerra. Otros cuatro, todos ellos bomberos y el mismo día, fueron asesinados de forma extrajudicial.

Durante las décadas siguientes cientos de empleados destituidos a lo largo de 1937 y 1938 solicitaron la revisión de su expediente de depuración. El 73,73% de los 415 recursos de reposición presentados entre 1937 y 1940 fueron desestimados, mientras que el 4,82% de los recurrentes fueron repuestos con una sanción económica y el 12,05% repuestos sin el derecho a cobrar el sueldo dejado de percibir mientras estuvieron separados del servicio.

Entre 1952 y 1953 se presentaron al menos 327 solicitudes para que el expediente de depuración instruido en 1937 fuese reabierto. Al 85,32% de los solicitantes se les negó la posibilidad de reapertura del expediente y únicamente se repuso al 3,06% de los recurrentes.

El bajo número de empleados repuestostras la guerra, en comparación con los que siguieron en calidad de destituidos durante la dictadura, demuestra que el Ayuntamiento no varió su política vengativa y sancionadora hasta el fallecimiento del general Francisco Franco.