El edificio que albergaba la sede de la naviera Sota-Aznar, propiedad del nacionalista vasco Ramón de la Sota y Llano, fue utilizado como sede del Departamento de Justicia y Cultura del Gobierno Vasco durante la guerra civil. Aproximadamente, entre el 15 de octubre de 1936 y el 16 de junio de 1937 fue utilizado con este objeto, siendo Jesús María Leizaola el consejero del departamento en cuestión.

El edificio se sitúa en el Ensanche de Bilbao, limitando con las calles Ibáñez y Henao, por la parte delantera y la trasera, y la Alameda Mazarredo, por la lateral. Con una clara influencia francesa, dispone de fachada clasicista y cúpula de remate en el chaflán de esquina. En su composición se diferencia un basamento de piedra más oscura, en el que se incluye la entrada principal en el propio chaflán en arco de medio punto. Los cuerpos superiores abuhardillados con mansardas están rematados con cubierta de pizarra. El interior se organiza en torno a un eje principal que continúa en el vestíbulo-hall ovalado, similar a la disposición del Hotel Carlton, a través de sucesivos niveles de escalinatas.

En las inmediaciones se encontraban también las sedes de los departamentos de Obras Públicas y Hacienda. Otros edificios emblemáticos de Bilbao fueron utilizados como sedes de diferentes ramas del Gobierno Vasco durante la guerra. Fueron el Villa Mena, la Sociedad Bilbaína, el Banco de Comercio, el Palacio Ibaigane, el Palacio Escauriaza, la Equitativa, el Hotel Carlton, el edificio Chávarri, y el Chalet Estraunza.

El Departamento de Justicia y Cultura se instaló en un principio en el edificio sito en el número 41 de la Gran Vía, donde estaban las oficinas del EBB (Euzkadi Buru Batzar), antes de pasar al de la naviera. Se construyó un búnker antiaéreo para proteger a los miembros del gobierno en el sótano del edificio de la naviera, al que se accedía por el número 22 de la calle Ibáñez.

La Consejería de Justicia tuvo a su cargo importantes edificios como por ejemplo las cárceles; la de Cultura, por su parte, se hizo cargo de las ikastolas, creó las Escuelas de Euzkadi y la Universidad Vasca con la facultad de medicina instalada en el Hospital de Basurto. Además, utilizó el Depósito franco del Muelle de Uribitarte para esconder obras de arte en peligro por la guerra.