Durante la guerra civil española, los puentes de Bilbao fueron destruidos antes de la entrada en Bilbao de las tropas franquistas. En la madrugada del 18 al 19 de junio, día de la entrada de las tropas franquistas en Bilbao, la Junta de Defensa destruyó, entre otros, el puente de San Antón. El puente dinamitado había sido construido entre 1871 y 1877 y proyectado por el ingeniero Ernesto Hoffmeyer. Antes de dicho puente del siglo XIX hubo otro de la época medieval, aproximadamente del año 1300. Se desconoce la fecha exacta en la que se construyó el puente original.

Al igual que el resto de los puentes, el de San Antón fue reconstruido por el nuevo gobierno franquista. La reconstrucción de los puentes de Bilbao fue uno de los primeros proyectos que llevó a cabo el Ayuntamiento presidido por José María Areilza. La necesidad de conectar ambas márgenes de la Ria se unió a la utilización de la reconstrucción como propaganda de la dictadura. El franquismo se presentaba a sí mismo como un régimen constructor frente a la barbarie y el caos republicanos.

El 24 de junio de 1937 se creó la Oficina Técnica de Puentes Fijos, que se encargaría de la reconstrucción de los mismos. La celeridad que se dieron desde dicha oficina para adjudicar las obras y después realizarlas es muestra de la importancia que tenían. Así, el 19 de junio de 1938, en el aniversario de la conquista de Bilbao, fue inaugurado el puente de San Antón.

La reconstrucción del puente tuvo un coste de 982.853 pesetas, para lo que se amplió un crédito extraordinario del año 1927, y se utilizó también el presupuesto extraordinario de 1939. El proyecto fue adjudicado a la empresa “Eguinoa Hnos.” Similar al que ya había, es un puente de piedra con dos arcos no muy pronunciados y sin barandilla, con los márgenes cerrados con la misma piedra que forma el resto de la estructura. A los lados se colocaron los lobos del escudo de Bilbao como elementos ornamentales.

San Antón fue el único de los puentes al que no se le cambió el nombre por uno que homenajeara a algún símbolo de la dictadura franquista. La razón estribaría en que el puente tenía un nombre religioso, lo que permitió que lo conservara. Además, era el puente más antiguo de la ciudad, es posible que fuera anterior incluso a la fundación de Bilbao, lo que también pudo jugar a su favor a la hora de mantener el nombre.