Durante la guerra civil española los puentes de la ciudad de Bilbao fueron destruidos. La madrugada del 18 al 19 de junio de 1937, los puentes fueron dinamitados por el comandante de la 1º División Vasca Joseph Putz por orden de Jesús María Leizaola. Uno de los puentes destruidos a la llegada de los franquistas fue el puente de la Merced, al que poco después se le cambió el nombre.

Cuando la dictadura franquista tomó el control de la ciudad de Bilbao, la reconstrucción de los puentes fue uno de los primeros proyectos que se sacaron adelante. Era necesario conectar de nuevo los dos márgenes de la Ria con el fin de normalizar la vida en la villa. El ayuntamiento bilbaíno, presidido por José María Areilza, utilizó la reconstrucción de los puentes como método propagandístico. Se vinculó la reconstrucción a la llegada de el nuevo régimen, que construía y devolvía la normalidad a Bilbao tras el caos republicano.

Además, se cambió el nombre de todos los puentes a excepción del puente de San Anton, que probablemente por su componente religioso, mantuvo su nombre original. En el caso del puente de la Merced, se decidió renombrarlo el 5 de agosto de 1937, apenas unas semanas después de la instauración del franquismo en Bilbao, lo que denota la importancia que se le otorgaba a este tipo de cuestiones propagandísticas. Se determinó llamarlo Puente del General Sanjurjo, en honor al militar que había intentado un primer golpe contra la República en 1932 y que después iba a ser el comandante del bando sublevado, fallecido en 1936 en un accidente de aviación.

Para llevar a cabo la reconstrucción de los puentes, el 24 de junio de 1937 fue creada la Oficina Técnica de Puentes Fijos, que se encargaría de sacar a concurso las obras y determinar la empresa que las llevaría a cabo. La reconstrucción fue una prioridad y el nuevo puente estuvo acabado en el primer aniversario de la conquista de Bilbao, el 19 de junio de 1938. Las empresas encargadas de realizarlo fueron la “Sociedad General de Obras y Construcciones” y “Arregui Constructores”. Tuvo un coste de 853.483 pesetas, y fue proyectado por el ingeniero Manuel Gil de Santibañez. Es un puente de piedra con dos arcos muy poco pronunciados y un pilar de piedra en el centro. Tiene una barandilla de metal y ocho farolas con elementos decorativos. El nombre de Sanjurjo se mantuvo hasta la etapa democrática, cuando en 1980 fue sustituido por el actual nombre de Puente de la Merced.