Durante el franquismo las organizaciones sindicales vascas –UGT, CNT y ELA-STV– fueron desmanteladas y las primeras protestas de los años cincuenta vinieron de la propia espontaneidad de los obreros vascos, como la huelga de los trabajadores de Astilleros Euskalduna en 1953. La primera gran huelga tuvo lugar en Bizkaia en la primavera de 1956 dirigida por una comisión de obreros metalúrgicos. A lo largo de los dos meses que duraron las reivindicaciones se fueron formando comisiones de trabajadores encargados de representar a sus compañeros ante la empresa. Aunque estas comisiones no consiguieron estabilizarse y desaparecieron.

Fue la huelga general vizcaína de 1962, y los despidos de trabajadores, lo que dio origen al surgimiento de la Comisión Obrera Provincial de Bizkaia a partir de las distintas comisiones obreras de cada empresa. En este sentido destacan importantes líderes sindicales del periodo como Valeriano Gómez Lavín, David Morín o José Unanue. Su cometido era gestionar ante la patronal la vuelta de los represaliados y la readmisión de los despedidos. Durante estos primeros años de la década de los sesenta la Comisión Obrera Provincial realizó todo tipo de gestiones, apoyando y convocando manifestaciones y paros para conseguir sus objetivos. No podemos olvidar a este respecto su papel en la llamada Huelga de Bandas de 1966. Los trabajadores de la fábrica Laminación de Bandas en Frío de Etxebarri se mantuvieron en huelga 180 días, e incluso se llegó a decretar el Estado de Excepción. Fue una de las luchas más importantes de aquella embrionaria Comisiones Obreras.

En Gipuzkoa, por su parte, no fue hasta 1966 cuando se creó la Comisión Obrera Provincial con muchos problemas internos que produjeron su desaparición a finales de 1967. Mientras que en Álava y Navarra el Sindicato Vertical impidió el desarrollo de las comisiones obreras.

A finales de la década, la represión, la congelación salarial y la mala situación económica hicieron casi inexistente la conflictividad. Hasta 1970, el año de las movilizaciones obreras. El Proceso de Burgos tuvo mucho que ver en esta campaña político-sindical que unió a los trabajadores vascos en protestas por la libertad social y nacional. Desde el 72 la recuperación del movimiento sindical con Comisiones a la cabeza fue imparable, sobre todo a partir de 1974. La huelga general de aquel año tuvo un carácter político anti-franquista. Las consignas, además de la lucha contra la carestía de la vida, incluían proclamas políticas contra la represión, la libertad de expresión, reunión y asociación y el derecho a la autodeterminación. Esta huelga fue un éxito para el movimiento obrero que inició unos años de duros conflictos y huelgas generales. Fue el 1 de junio de 1976 cuando –a pesar de las divisiones entre la Comisión Obrera Nacional de Euskadi (CONE) y la Coordinadora de Euskadi de Comisiones Obreras (CECO)– todas las fuerzas se unificaron en un solo organismo: las Comisiones Obreras de Euskadi, dependientes del PCE-EPK, LKI (antes LCR-ETA VI), y MCE-EMK.

Entre finales de marzo y principios de abril de 1978, se celebró en Leioa el Congreso Fundacional de CCOO, en el contexto de los Pactos de la Moncloa. Su primer secretario general fue Tomás Tueros, trabajador de La Naval de Sestao. Con el segundo congreso celebrado en 1981 se reguló el modelo de relaciones laborales gracias al Estatuto de Gernika. A mediados de la década la crisis económica e industrial llevó a un proceso de reconversión salvaje seguido de grandes movilizaciones. Además, la crisis dentro del PCE-EPK también afectó al sindicato que a lo largo de los años noventa se fue recuperando.

En la actualidad forman parte de Comisiones Obreras de Euskadi más de 55.000 trabajadores y trabajadoras y más de 4.000 delegados y delegadas de empresa, pertenecientes a todos los sectores industriales y de servicios de toda la Comunidad Autónoma Vasca. El sindicato lucha activamente por conseguir más empleo y mejoras salariales a través de la negociación de los convenios colectivos, el diálogo social y la movilización.