El año 1900, sexto centenario de la Fundación de la Villa de Bilbao, era una fecha muy apropiada para coronar a la Virgen de Begoña. En marzo de aquel año se firmó la petición al Cabildo solicitando la gracia y en mayo, tras la aprobación por el pontífice León XIII, se expidieron en Roma las letras que la concedían.

La Coronación se haría el 8 de septiembre de 1900, coincidiendo con la festividad de la Natividad de Nuestra Señora. La imagen de la Virgen fue engalanada por todo lo alto por el joyero Luis de Anduiza y Goicoechea. La Reina Regente, María Cristina de Habsburgo-Lorena, donó el vestido-manto; María Aguirre de García, distinguida dama de la sociedad bilbaína, costeó la corona cuyo valor ascendió a 100.000 pesetas; mientras que la corona del niño y el cetro fueron sufragados por suscripción popular.

Al alba del 31 de agosto comenzó la Novena preparatoria con la misa matutina en la Basílica de Begoña. A lo largo de aquellos nueves días se sucedieron oficios y funciones con sermones en castellano y euskera a cargo de selectos oradores. Al mismo tiempo, peregrinos de toda Bizkaia fueron desfilando por Begoña en una muestra de fervorosa entrega a su protectora.

El día 8, en una solemne misa presidida por el obispo de Vitoria, Ramón Fernández Piérola, acompañado de diez obispos y las autoridades civiles de la Villa, se procedió a la coronación al son de cohetes y vivas de los fieles. Después, la imagen salió en procesión triunfal por Bilbao. Es destacable el himno, en castellano y euskera, que el presbítero José Solís y el músico Manuel Villar y Jiménez compusieron para la ocasión, A la Virgen de Begoña en la fiesta de su coronación canónica.

El 4 de noviembre, Ricardo Sanz de Samper, delegado especial de León XIII, ofreció a la Virgen el regalo del papa, un rosario de oro con una medalla.

La peregrinación celebrada en 1950 con motivo de las bodas de oro de la coronación fue multitudinaria, aunque no fue hasta el año 2009 cuando la Hermandad de Begoña y los responsables de la Basílica incluyeron esta fecha dentro de su calendario de celebraciones.