Joaquín Aguinaga Torrano nació en Alsasua (Navarra) el 27 de diciembre de 1928. Su padre fue Jacinto Aguinaga Munarriz, de profesión médico. Su madre fue Felisa Torrano. Tuvieron dos hijos.
Joaquín Aguinaga era miembro del Opus Dei.
Estudió Ingeniería Industrial en la Escuela de Ingeniería de Madrid, donde también se doctoró. Amplio sus estudios en la Escuela Politécnica Superior de Lausanne (Suiza).
Llegó a Bilbao a mediados de los 50 a trabajar en la empresa ISOLUX, dedicada a las instalaciones eléctricas, donde permaneció hasta 1972. Desde 1958 compatibilizó este trabajo con la docencia en la Escuela de Ingenieros de Bilbao. En 1970 fue nombrado Catedrático de Proyectos en la Escuela. Su actividad docente e investigadora se centró en la metodología para el desarrollo de proyectos y tuvo una destacada proyección internacional a través de su participación en el Consejo de Dirección de la European Society for Engineering Education (1979-1983).
A su labor docente e investigadora añadió su dedicación a la gestión universitaria. Fue Secretario Académico (1962-1972) y Director (1972-1981) de la Escuela de Ingenieros de Bilbao.
Con la llegada de la democracia, Joaquín Aguinaga participó en política como independiente en las candidaturas de UCD y posteriormente de la Coalición Popular. En la división de la UCD del País Vasco, el año 1983, se posicionó con el sector democratacristiano, liderado por la familia Oreja, frente al suarista, encabezado por Jesús María Viana.
Fue elegido parlamentario por Bizkaia encabezando la lista de UCD para la Cámara Vasca en su I Legislatura (1980-1984) y en la lista de la Coalición Popular, a propuesta del Partido Demócrata Popular, en la II Legislatura (1984-1986). En su actividad parlamentaria destacó su participación en la Comisión encargada de elaborar un informe sobre el proyecto de la central nuclear de Lemoiz.
Tras su retirada de la vida política retomó la vida académica como Catedrático de la Escuela Superior de Ingeniería de la Universidad Politécnica de Madrid, donde se jubiló en 1998.
Falleció en Madrid el 25 de enero de 2000.
Mikel Urquijo