En la última década del siglo XX se planteó una ambiciosa operación para reordenar el sistema ferroviario que transcurría por el centro de la ciudad. Intervención denominada de forma global Operación Abandoibarra Variante Sur (OAVS), ya que combinaba la propia intervención sobre el sistema ferroviario con la liberación de espacios y posterior urbanización de la nueva área de Abandoibarra.Supuso la primera actuación para la sociedad Bilbao Ría 2000.

 Esta operación, que se planteó con un enfoque global y con la colaboración de todas las administraciones, tenía un triple objetivo:

El primero, potenciar la red ferroviaria, tanto de viajeros como de mercancías. Para los primeros se realizó la Variante Sur (RENFE y FEVE) y la línea San Mamés-Atxuri del nuevo tranvía de Bilbao. Para las mercancías se construyó la estación multifuncional en el puerto. El segundo, recuperar dos amplias zonas centrales (Abandoibarra y Ametzola) que, hasta ese momento, habían estado ocupadas por instalaciones  industriales obsoletas, zonas portuarias y estaciones ferroviarias de mercancías que las aislaban del resto de la ciudad. Y el tercero, mejorar la calidad medioambiental del centro creando nuevos parques y zonas verdes, eliminado la barrera de la trinchera del ferrocarril y uniendo la ciudad a la Ría, recuperando sus riberas para los peatones.

La operación se puso en marcha a partir de 1993, desarrollándose varios proyectos que acometieron la liberación de las vías férreas del borde de la Ría (muelles de Uribitarte y Ripa), eliminando trincheras y barreras, y liberando nuevos espacios urbanos (Basurto, Rekalde, Irala). Se consiguió con esta actuación la integración natural del transporte ferroviario en el ámbito urbano y la conexión entre los diversos servicios de RENFE, FEVE y el ferrocarril metropolitano (Metro Bilbao).

Además se acometió la modificación y el soterramiento del trayecto de Bilbao a Balmaseda de la línea de FEVE en el área de Ametzola; la  creación de la línea Sur de cercanías de RENFE, conectando la margen izquierda con el centro de Bilbao y el Metro; la construcción de las nuevas estaciones de Zabálburu, Ametzola y Autonomía; la remodelación de Abando y Olabeaga; la urbanización de la Avenida del Ferrocarril (800 m de longitud); la cubrición y urbanización de la estación de San Mamés, con funciones de intercambiador; y la nueva vía de mercancías.

 En 1994 se iniciaron los trabajos previos de derribos en la playa de vías de Ametzola y se adjudicaron las obras de la primera fase de la Variante Sur Ferroviaria. De forma simultánea en 1996 se derribaron los tinglados portuarios situados en Abandoibarra, iniciándose la liberación de espacios en esa área. En 1999, los excedentes por la venta de parcelas en Abandoibarra se invierten, entre otras actuaciones, en la construcción de nuevas estaciones para RENFE y FEVE.

 Todas estas intervenciones integrantes de la Variante Sur Ferroviaria se desarrollaron en cuatro fases. En la primera, iniciada en 1995, se acometió la modificación del trayecto de la línea de FEVE a su paso por Ametzola. En la segunda fase se creó la nueva Línea Sur de cercanías de RENFE, conectando la margen izquierda con el centro de Bilbao con la creación de nuevas estaciones, siendo en la Estación de Ametzola,donde concurren las líneas de RENFE y de FEVE, su construcción más destacable. En la tercera fase se desarrolló la urbanización de la Avenida del Ferrocarril, cubriéndose la trinchera ferroviaria que hasta ese momento había supuesto una fractura entre los barrios de la zona, convirtiéndose en una amplia avenida. En la cuarta y última fase se suprimió la estación de mercancías de Teco-Parque.