Durante la guerra civil española, los puentes de la ciudad de Bilbao fueron destruidos. Dicha tarea se llevó a cabo la madrugada del 18 al 19 de junio de 1937, pocas horas antes de la entrada de los franquistas en Bilbao. De esta manera, cuando el ejército franquista llegó a Bilbao se vio obligado a cruzar la Ría mediante barcazas utilizadas a modo de puente improvisado. Uno de estos puentes fue el puente de Begoña o del Ayuntamiento, que sería rebautizado con el nombre del general Emilio Mola.

El nuevo gobierno franquista de la ciudad, con el alcalde José María Areilza presidiéndolo, tuvo en la reconstrucción de los puentes una de sus primeras tareas. La reconstrucción era necesaria para conectar de nuevo los dos márgenes de la Ría y normalizar la vida en Bilbao. El nuevo ayuntamiento aprovechó la necesaria reconstrucción para realizar una campaña de propaganda.

El ayuntamiento bilbaíno vinculó la reconstrucción con el nuevo régimen franquista, que arreglaba los problemas y devolvía a la normalidad la ciudad tras el caos del período republicano. Para reforzar esta campaña propagandística, se cambió el nombre de los puentes de Bilbao, a excepción del puente de San Anton. El componente religioso en el nombre de este último fue lo que probablemente permitió que conservase su nombre. En el caso del puente de Begoña, también llamado puente del ayuntamiento, pasó a llamarse puente del General Mola, en honor al fallecido militar golpista.

El 21 de julio de 1937 se creó desde el consistorio bilbaíno la Oficina Técnica de Puentes Móviles, que se encargó de el concurso público y la adjudicación de las obras para el puente del General Mola, así como el del puente del Generalísimo Franco. Las del primero fueron adjudicadas a la empresa “Babcok & Wilcox” y estuvieron subvencionadas por el gobierno. El ayuntamiento se hizo cargo del 50 por ciento del presupuesto, pagando 500.000 pesetas.

El puente del General Mola fue inaugurado el 19 de junio de 1941, en el cuarto aniversario de la entrada de las tropas franquistas en la villa. La fecha escogida no fue casual, y de hecho otros puentes fueron también inaugurados un 19 del año 1937. En 1970 fue convertido en puente fijo. El nombre de Mola se mantuvo hasta el año 1983, cuando pasó a denominarse Puente del Ayuntamiento. Es un puente de hierro con brazos basculantes proyectado por Ignacio Rotaeche, con una luz de 40,6 metros, lo mismo que la anchura de la ría en ese punto, y un gálibo en su centro de 7 metros. La longitud de su tablero es de 150 m y está en pendiente, y la anchura es de 20 metros. En uno de los extremos se alza la caseta de mando y maniobras, y dispone de una barandilla de hierro a ambos lados.