Es un convento masculino perteneciente a la Orden de San Agustín.

En 1360, existía en San Bartolomé de Berriz, en la anteiglesia de Deusto, un eremitorio de agustinos, quienes en el año 1515 compraron al preboste Tristán de Leguizamón unos terrenos en la villa de Bilbao, donde se construyó el convento de San Agustín. Para 1518 las obras del convento y otras estancias ya estaban finalizadas, mientras que la iglesia del convento necesitó varios años más, por lo que la comunidad no se pudo instalar inmediatamente.

Este convento fue uno de los más importantes de la provincia agustina de Castilla; además, gozó de una importantísima fama ya que ofrecía cátedras de estudios superiores. Asimismo, tuvo miembros de lo más distinguidos, como por ejemplo Fray Martín de Coscojales, agustino vizcaíno del siglo XVI, quien escribió la Historia de Vizcaya, Álava y Guipúzcoa, en seis volúmenes, o Antigüedades de Vizcaya de la cual sólo han sobrevivido cinco volúmenes de los siete originales.

Durante la invasión francesa del siglo XIX, los frailes fueron exclaustrados y el convento, tras su ocupación por tropas francesas, quedó en un estado lamentable. Los frailes volvieron, pero en 1833, con motivo de la Primera Guerra Carlista, fueron expulsados de nuevo porque los carlistas se acuartelaron en el convento desde donde llevaron a cabo el sitio de Bilbao. Tras estos eventos bélicos sólo quedaron en pie unas ruinas, y el solar fue expropiado por el concejo bilbaíno que, en 1863, mandó construir un edificio para que albergara el ayuntamiento de Bilbao.