Tras la entrada de las tropas franquistas en Bilbao, el nuevo gobierno impulsó una serie de políticas destinadas a crear un relato de la guerra civil en el que quedara claro quienes habían sido los vencedores y quienes los vencidos. Para ello se llevaron a cabo las llamadas políticas de la memoria, creando “lugares de la memoria” en los que se representara el relato franquista del conflicto. Así, se realizaron cambios en el callejero, se crearon las Medallas de Hierro para premiar a los combatientes franquistas, se empezaron a celebrar algunas efemérides y se construyeron monumentos o estatuas.

Uno de estos monumentos fue el Panteón Monumento a los Mártires de Bilbao instalado en el cementerio de Vista Alegre de Derio. El mausoleo se planteó como un homenaje a los Mártires de la Santa Causa, aunque se refería principalmente a los asesinados durante lo que el franquismo denominó el “período rojo-separatista”. La mayoría de estas personas fueron asesinadas durante los asaltos a las cárceles que tuvieron lugar el 4 de enero de 1937 en Bilbao.

El panteón fue proyectado ya en 1937, siendo una de las primeras iniciativas del nuevo ayuntamiento franquista. El arquitecto encargado del proyecto fue Manuel Galíndez y Zabala. Se inauguró en septiembre de 1938, apenas un año y dos meses después de la entrada del ejército franquista en la villa. Contó con un presupuesto de 375.000 pesetas, nada desdeñable si tenemos en cuenta la situación económica del consistorio bilbaíno, que tenía que hacer frente a importantes problemas de financiación.

El mausoleo como tal es un monumento que continúa hoy en día en el cementerio de Vista Alegre en Derio; en el interior se encuentran los nichos a los que se trasladaron algunas de las víctimas que el monumento homenajea. Hay un total de 321 personas enterradas. El traslado de los cadáveres supuso el llenar el lugar física y simbólicamente con aquellos que habían sacrificado sus vidas por la Nueva España de Franco.

El Mausoleo como tal es una cripta a la que se accede por una escalinata en la que se podía leer la inscripción, actualmente suprimida: “¡Bilbaínos! / silencio y oración / honran al ejemplo / ayudan a la imitación”. El interior es rectangular y con el fondo acabado en elipse. En el centro, al fondo, hay un altar, y las paredes están cubiertas de los nichos. Estas paredes ocupadas por los nichos fueron hechas de mármol.

Desde su construcción, sufrió varias modificaciones. En 1940 se realizaron las primeras obras para el m mantenimiento del pozo, y en 1942 y 1943 se instalaron dos nuevas bombas de achique, debido a los problemas de humedad que el mausoleo arrastraba desde su deficiente diseño y construcción. Se instalaron también cruces de metal en los nichos (1942-1943) y bancos (1943-1945). Se renovó la instalación eléctrica (1944), se compraron motores para la extracción de agua de la Cripta (1946-1951) se reparó la carpintería del Mausoleo (1946) y se volvió a renovar la instalación eléctrica (1947), además de repararse la bomba de achique (1954). Las humedades provocaron que a lo largo de los años hayan tenido que realizarse labores de mantenimiento continuas. 

Ya en el periodo democrático, se realizó una modificación con el objetivo de eliminar elementos de exaltación de la dictadura. En sesión del 29 de diciembre de 1989 se determinó la eliminación la inscripción antes mencionada que podía verse a la entrada del mausoleo.