Durante la guerra civil española, los puentes que unían ambos márgenes de la Ria de Bilbao fueron destruidos. Uno de estos puentes fue el puente móvil de Deusto, que había sido inaugurado el 13 de diciembre de 1936, ya en plena guerra civil. La llegada de las tropas franquistas, que entraron a Bilbao mediante barcazas utilizadas como puentes improvisados, se produjo el mismo día 19.

La reconstrucción de los puentes fue una de las prioridades del nuevo ayuntamiento presidido por José María Areilza. El consistorio franquista aprovechó la reconstrucción como parte de una estrategia propagandística, vinculando la restitución de la normalidad en Bilbao con la dictadura y contraponiéndola con el caos y la barbarie del periodo republicano. Además, se decidió cambiar los nombres de todos los puentes a excepción del puente de San Anton, que probablemente conservó el nombre debido a su religiosidad.

El 21 de julio de 1937 se creó la Oficina Técnica de Puentes Móviles, que se encargó de el concurso público y la contratación de las obras en los puentes del General Mola y del Generalísimo Franco. La decisión sobre el cambio de nombre se tomó el 5 de agosto de 1937. La celeridad en la toma de estas decisiones es una muestra de su importancia para el nuevo ayuntamiento. El puente del Generalísimo Franco fue reconstruido por la “Compañía Anónima Basconia y consortes”, con un coste para el ayuntamiento de 1.027.560 pesetas. Parte del proyecto fue subvencionado por el gobierno.

El arquitecto encargado del puente fue Ricardo Bastida y el ingeniero José Ortiz de Antiñano. El puente fue inaugurado el 25 de octubre de 1939 en presencia del ministro de Obras Públicas, Alfonso Pena Boeur. Junto con el del General Mola, fueron los que más tardaron en volver a ser funcionales, debido a su movilidad. La fastuosidad con la que se realizaron estas inauguraciones dan una buena muestra de la importancia de estos proyectos y del afán por hacer propaganda mediante los mismos. Desde el punto de vista arquitectónico, es un puente de hierro inspirado en el puente de la Avenida Michigan en Estado Unidos. Tiene una longitud de 500 metros y un ancho de 25, y dispone de una barandilla de hierro. El gálibo es de 7´96 metros. Hay un edificio de hormigón a cada lado, donde está ubicada la maquinaria de elevación, y las hojas basculan hasta alcanzar un ángulo de 70º sobre la horizontal.

El nombre de Franco se mantuvo hasta la llegada de la democracia, cuando en 1979 pasó a denominarse Puente de Deusto, nombre que conserva en la actualidad.