Hijo de Nicasio Adolfo Urquijo Goicoechea (1839-1895), natural de Bilbao, y de María del Rosario Ybarra Arámbarri (1846-1875), también de Bilbao. Sus abuelos paternos fueron Serapio Dionisio Urquijo (1809-1882) y Luisa de Goicoechea (1816-1847), ambos también naturales de la villa de Bilbao. Sus abuelos maternos fueron Gabriel María Ybarra y Rosario Arámbarri, él natural de Bilbao y ella de la caribeña isla de San Thomas.
A la muerte de María del Rosario Ybarra quedaron sus hijos (Adolfo, Luisa, Rafaela, Fernando, Julio y José Mª) a cargo de los tíos maternos Rafaela Ybarra y José de Vilallonga, con los que vivieron junto a sus tíos y primos en “la Cava”, finca situada en Deusto, junto a la ría de Bilbao.
Casado el 7 de enero 1896, con María de la Concepción Olano Abaitua con la que tuvo siete hijos: Concepción, José María, Ignacio, Carmen, Juan Ramón, Rosario y Mª Begoña.
Tras estudiar bachiller en Bilbao cursó Derecho en Salamanca licenciándose en 1893, doctorándose en 1895. Desde entonces José María Urquijo e Ybarra se dedicó a la abogacía y a la política. Fue sobre todo un propagandista del catolicismo y un destacado filántropo participando en numerosas iniciativas caritativas: Junta de Caridad del Hospital Civil, Patronato de Obreros San Vicente Paúl, Junta de Escuela del Patronato, etc.
En 1901 participó en la fundación del diario católico, La Gaceta del Norte, con la idea crear un bloque en el que se aunaran las fuerzas católicas (nacionalistas vascos, carlistas, católicos independientes, dinásticos). Su activismo católico se extendió hasta a Roma, organizando peregrinaciones vascongadas o estableciendo contactos para la canonización de Valentín de Berriochoa, también colaboró en la movilización contra la Ley de Congregaciones religiosas en 1910. En 1903 la movilización del voto católico le llevó al parlamento.
Durante la República fue un activo opositor a ella, siendo encarcelado en 1932 tres meses. El 22 de julio de 1936 salió camino de Francia, pero en Zarautz (Gipuzkoa) fue detenido y, tras estar en diversas cárceles y ser juzgado por un Tribunal Popular, el 5 de septiembre fue fusilado.
Eduardo J. Alonso Olea