Se izó por primera vez en Bilbao, a las seis de la tarde del 14 de julio de 1894 con motivo de la  inauguración de los locales del Euskaldun Batzokija en el segundo piso de la casa nº 24 (antiguo) de la bilbaina calle Correo, esquina con el Arenal. Fue izada por el socio más veterano de esta primera organización nacionalista vasca, Ciriaco de Iturri y Urlezaga, antiguo oficial del ejército carlista.

Fue diseñada por los hermanos Luis y Sabino de Arana y Goiri inicialmente como bandera de Bizkaia, inspirándose en el emblema que este territorio ya tenía, su escudo, y la interpretación que hacían de éste. Así tiene el mismo fondo rojo, que para Sabino de Arana debía tener el escudo, no de plata sino de gúles. El aspa de sinople (o verde) como reflejo del árbol de Gernika. También la cruz de San Andrés como referencia a la lucha por la libertad de la Patria y a la semilegendaria batalla de Arrigorriaga o Padura de finales del siglo IX, entre bizkainos y castellanos que según la tradición tuvo lugar un 30 de noviembre, festividad de San Andrés Apóstol que fue martirizado sobre una cruz aspada. La cruz blanca, que en el escudo se representa detrás del árbol, se superpone en la bandera al conjunto como representación de la superioridad trascendental de lo divino sobre lo humano. Las proporciones iniciales de la Ikurriña eran de 4,50 x 2,50 metros que luego se rectificarían en 5 x 2,80, al tiempo que las cruces originales eran de 0,20 de ancho.

A comienzos del siglo XX la Ikurriña fue perdiendo su connotación territorial bizkaina y acabó siendo considerada como la bandera de todos los vascos. En 1925 la adoptó para presidir sus actos la asociación Euzkaltzaleen Biltzarra. En septiembre de 1931 el ayuntamiento de Durango preguntó a Eusko Ikaskuntza qué bandera podía considerarse como nacional vasca o representativa del País Vasco y ésta respondió que la exhibición de la Ikurriña “no puede suponer en nuestros días idea alguna partidista, sino una expresión de la unidad espiritual de los vascos”.

El 19 de octubre de 1936 el Gobierno vasco estableció la oficialidad de la Ikurriña como bandera de Euskadi, a propuesta del consejero de industria el socialista Santiago Aznar. La única modificación se determinó, cinco días más tarde, pasando la medida de las cruces a tener 0,43 metros (al parecer para que se distinguiera mejor en los buques durante la guerra).

Tras la victoria franquista la Ikurriña fue proscrita del Estado español y todos aquellos que fueron descubiertos portándola, escondiéndola o dibujándola sufrieron palizas, prisión o multas (en la mayoría de casos las tres cosas). Incluso la mera conjunción de sus tres colores, rojo, blanco y verde, en cualquier objeto o en la vestimenta, era perseguida policialmente.

Tras la muerte de Francisco Franco y el fin de su dictadura, la Ikurriña aún tardaría dos años en legalizarse. La primera vez que volvió a izarse oficialmente fue el 19 de enero de 1977 en la Plaza de la Constitución de San Sebastián, en el edificio de su antiguo ayuntamiento, la víspera de su festividad.

Tras establecerse el Consejo General del País Vasco, el 15 de diciembre de 1978 este organismo preautonómico decidió usar la Ikurriña como bandera propia. El 25 de octubre de 1979 se aprobó en referéndum un Estatuto de Autonomía para Álava, Bizkaia y Gipuzkoa en cuyo título preliminar, artículo quinto, se declaraba la Ikurriña, bandera oficial de la Comunidad Autónoma del País Vasco.