En 1977, al tiempo que Ramón Ormazabal fue designado para ocupar la presidencia del PCE-EPK, Roberto Lertxundi –ex militante de ETA– fue nombrado secretario general, abriendo la tendencia vasquista dentro de la organización.

Aunque en las primeras elecciones democráticas el PCE-EPK no obtuvo representación en el Congreso, sí formó parte de la ponencia que en 1978 redactó el Estatuto de Gernika, y Lertxundi fue uno de los dirigentes que acompañó al Lehendakari Carlos Garaikoetxea en la negociación en las Cortes Generales. Su línea vasquista (apoyada por Txemi Kantera o Esteban Eguren) chocaba de frente con la de Ramón Ormazabal, Tomás Tueros o Ignacio Latierro que eran partidarios de mantener la unidad estatal del partido.

En 1980, Lertxundi consiguió un escaño en el Parlamento Vasco. En el mismo año Kantera propuso crear un organismo de coordinación entre el PCE-EPK, el Partido Socialista de Euskadi y Euskadiko Ezkerra con el fin de constituir un partido vasco de izquierda. Así se inició, en 1981, la unión de la mayoría del PCE-EPK con EE. Mientras, el resto del partido permanecería vinculado al PCE liderado por Carrillo que intentó por todos los medios impedir el nacimiento del nuevo partido. Durante estos años ambas facciones lucharon por mantener las siglas PCE-EPK. Esta alianza se consumó en el Campus de Leioa de la Universidad del País Vasco en marzo de 1982.

En las elecciones de 1984, Lertxundi volvió a ser elegido parlamentario vasco por EE, recuperando el escaño que el PCE-EPK había perdido al aliarse. Sin embargo, los problemas internos provocaron una fragmentación que llevó a los partidos de izquierdas a presentarse por separado en las elecciones al congreso de 1986, obteniendo muy pocos votos. Por su parte, en 1991, Lertxundi fue candidato a la alcaldía de Bilbao y portavoz en el consistorio bilbaíno en estos primeros años noventa.

En 1986 Enrique González fue elegido secretario general. En 1989 el EPK se integró en Ezker Batua, cuyo coordinador general durante cuatro años sería González. Los noventa fueron años de debilidad para la formación comunista de Euskadi

Ya en el siglo XXI, la nueva secretaria general del PCE-EPK fue Isabel Salud, reelegida en los años siguientes hasta que en 2012 fue designada coordinadora general de la recién creada Ezker Anitza.

Desde 2013, Jon Hernández ocupa la secretaría general de un PCE-EPK que renace desde tres líneas claras de actuación: una salida democrática y anticapitalista de la crisis; la necesidad de un nuevo proceso constituyente; y la república federal y solidaria como modelo de estado.